Fairy Tail - O primeiro arco, que começa com o primeiro capítulo, se prolonga até uma missão de resgate do membro da guilda, Macao, e se encerra com uma missão de destruir um livro. Neste arco temos revelada apenas o passado de Natsu, mas são introduzidos alguns dos personagens secundários, como Elfman, Loki, Kana e Mirajane.

Einsenwald - Começa com a volta de Erza a guilda, depois de concluir com sucesso uma missão envolvendo a eliminação de um demônio. Ela recruta Gray e Natsu (e portanto, Happy também) para uma missão de dificuldade extrema. Lucy vai junto a pedido de Mirajane. Os cinco tentam impedir os planos diabólicos de um terrível mago conhecido por Shinigami Eligor. O arco se encerra com o sucesso da missão, e a luta de Natsu e Erza encontra-se próxima.

Delyora - O início é a luta de Natsu e Erza, que é interrompida quase que no mesmo instante em que começa, porque fiscais do Conselho aparecem com uma ordem de prisão de Erza. Natsu tenta tirá-la da prisão sem sucesso, mas ela acaba por ser liberada. Então os personagens Luxus, neto do mestre da guilda Fairy Tail, Makarov, e Mistgun, o mais misterioso e candidato a melhor membro, finalmente aparecem, despertando em Natsu a ambição de realizar missões maiores. Ele, Happy e Lucy fogem da guilda com uma missão de dificuldade máxima, sem a devida autorização. Gray é mandado para impedi-los, mas acaba querendo realizar a missão também. Então cabe a Erza impedi-los. A missão trata-se de destruir a lua, pois ela amaldiçoava as pessoas que viviam na Ilha Galuna. O grupo tenta achar outras maneiras de libertar o cidadãos da maldição, e acabam se encontrando com Leon, o ex-colega de Gray, e o temido Delyora. O passado de Gray é revelado com detalhes nesse arco. O arco se encerra com a auxiliar de Siegrain, que se transforma um homem perverso do conselho, pegando informações sobre membros da Fairy Tail.

Phanton Lord - Começa com o fim da missão na Ilha Galuna, porque quando o grupo retorna à guilda, depara-se com ela totalmente destruída. Uma guilda rival, a guilda Phanton Lord, havia feito isso. Então a Fairy Tail prepara um plano de vingança, e tenta recuperar sua honra. Nesse arco, conhecemos o passado de Elfman e o passado de Lucy, e são introduzidos os personagens Gazille (Dragon Slayer do Ferro, não demora a virar mais um rival de Natsu) e Juvia, membra do grupo "Element 4". O arco se encerra com a derrota da guilda Phanton Lord, e com a revolta de Lucy para com o seu pai.

Ethérion - Se inicia com pequenas aventuras e desandamentos sem muita importância, mas depois descobrimos o passado de Loki, que na verdade era um espírito estelar. Ao ser salvo por Lucy, ele oferece aos cinco heróis hospedagem grátis em um hotel, para que se divertissem com cassinos e jogatina. Não demora a se envolveram em um grande problema, pois os ex-companheiros de Erza estão por lá, querendo trazer de volta o terrível Zeref usando uma magia chamada Sistema R. Na verdade tudo é culpa do terrível vilão Gerard, que iludiu os ex-companheiros de Erza. O problema é que Jellal também era secretamente o maldoso Sieg, e assim, Sieg convence o Conselho a usar uma magia muito poderosa chamada Ethérion (que ajudaria em seus planos para reviver Zeref) além de ser revelado o passado de Erza e de Jellal em si. O arco se encerra com o perdão e o adeus dos ex-companheiros de Erza.

Luxus - Considerado pelos fãs o melhor arco. Começa com a entrada de Gazille e Juvia para Fairy Tail, o que desperta raiva entre os membros, principalmente Luxus, que arma um plano durante um festival chamado 'Fantasia'. Trata-se de um jogo para fazer os membros da guilda lutarem entre si. O que restasse enfrentaria Luxus, e o vencedor seria o novo mestre da guilda (de acordo com as regras do jogo). Conhecemos o passado de Mirajane e de Luxus em si, além de terem ocorrido grandes lutas: Luxus VS Mistgun e Luxus VS Natsu e Gazille. O arco acaba com o banimento de Luxus da guilda. É revelado que Mistgun se parece com Jellal.

Oración Seis - (131 - 165)Inicia-se com o relacionamento de Lucy e seu pai se tornando mais harmonioso, mas o que o arco foca é o confronto das quatro melhores guildas do Reino de Fiore (Fairy Tail, Blue Pegasus, Lamia Scale e Cait Shelter) contra uma das organizações mestre das Guildas Criminosas, conhecidas como Oración Seis, que como o nome sugere só tem 6 membros, embora esses sejam muito poderosos. São eles Midnight, Cobra, Hoteye, Angel, Racer e Brain; que tinham como objetivo acordar uma magia ancestral poderosíssima, chamada Nirvana (que havia sido selada há muito tempo atrás pelos fundadores dessa magia). É, também, descoberta uma nova Dragon Slayer, Wendy, a Dragon Slayer do céu, que possui uma habilidade única de cura. Retorna o vilão Gerard, porém desta vez aliado à aliança das guildas, pois se encontra sem memória. O arco termina com a derrota da Oración Seis e a prisão de Jellal, além da entrada de Wendy para a Fairy Tail.

Édoras - (166 - ~)Gildarts, o mago mais poderoso da guilda, retorna, e convida Natsu para ir à sua casa, e revela sobre um poderosíssimo Dragão Negro, que arrancou seu braço, sua perna esquerda e mais um órgão. Natsu então se vê determinado a encontrar o Dragão Negro, para conseguir informações sobre Igneel. Depois, Mistgun surge para conversar com Wendy, e avisa que a cidade de Magnolia seria devorada por uma magia chamada Anima. Quando isso acontece, apenas Wendy e Natsu ficaram para trás (Charlie e Happy tambem). Assim, eles resolvem entrar em Edoras (já que o portal de "Anima" ainda estava aberto). Guiados por Charlie (que juntamente com Happy nasceu no mundo de Edoras) e acompanhados por Lucy (que foi salva do "Anima" pelo Horológium) eles, vão enfrentar os capitães das divisões de guerra (SugarBoy, Hughes, Erza KnightWalker e Pantherlily) para chegar até o rei de Edoras (Faust) e descobrir como trazer a guilda e seus membros de volta. Também são apresentados os pais de Happy, que, ao contrario dos outros de sua espécie, não vêem os humanos como seres inferiores. O arco termina com a volta de Natsu e seus amigos ao mundo real. É revelado que Mistgun é Jellal de Édoras.

Fairy Island - O mais recente arco do mangá. Os membros da guilda estão se esforçando em várias missões para terem a chance de participar do Exame para a Classe S. Os magos nomeados são Natsu, Gray, Juvia, Levy, Kana, Elfman, Fried, e Mest. E suas respectivas duplas são Happy, Loki, Lisanna, Gazille, Lucy, Evergreen, Bixlow e Wendy. Enquanto isso, um mago com o poder de retirar vidas procura Natsu, e além disso Charlie, a gatinha de Wendy, tem uma visão nada agradável sobre o que ocorrerá durante este exame. É revelada também a primeira aparição de Zeref, permanecendo adormecido no corpo de um garoto que não possui más intenções, mas não consegue controlar o poder de Zeref dentro de si, que consiste em sugar a vida. A dark guild Grimoire Heart, membra da aliança Balam, em que fazia parte a Oración Seis, invade a Fairy Island com o intuito de libertar Zeref. Os primeiros magos a invadirem a ilha são Kawazu e Yomazu, que são eventualmente derrotados por Gazille. Também entram na batalha os Sete Parentes Do Purgatório, os magos mais poderosos da guilda negra, o que torna a batalha ainda mais difícil para o lado da Fairy Tail.